根據聯合國糧農組織2009年公布的《海洋撈捕漁業之魚和漁產品生態標章準則》，發展標章有四項重要角色，包括標章推動者、標章所有者、認證機構與驗證機構。由於目前台灣國內尚未有與野撈漁業相對應的認證機構及驗證機構，「海洋之心永續標章」遂採用國際有機農業運動聯盟(IFOAM)所提出的「多方參與查證機制(Participatory Guarantee System，PGS)」執行第三方查證。除此之外，「海洋之心永續標章」的推動者乃農業部漁業署及財團法人臺灣海洋保育與漁業永續基金會；標章所有者及標章查證者為財團法人臺灣海洋保育與漁業永續基金會。
「多方參與查證機制(Participatory Guarantee System，PGS)」為國際有機農業運動聯盟（IFOAM）於2004年提出的查證概念 ，可作為傳統第三方驗證的另外一種選擇，透過專案組成專家學者，實際拜訪生產地，建立與生產者、土地、海洋及生態的連結，取得消費者認同及支持，甚至關懷社會公益。國際間，不同的推廣團體會依據自身國情及其把關的產業而修正PGS運作模式，確保認證的核心理念得以實踐。
在永續漁業認證方面，海漁基金會與農業部漁業署每年邀集台灣國內外的海洋專家學者及環保人士、建立人才庫以審查漁業認證案件。在產銷監管鏈認證方面，海漁基金會每年辦理查證人員培訓課程，並組成產銷監管鏈查證小組，執行案件查證。
在永續漁業認證方面，海漁基金會與農業部漁業署每年邀集台灣國內外的海洋專家學者及環保人士、建立人才庫以審查漁業認證案件。在產銷監管鏈認證方面，海漁基金會每年辦理查證人員培訓課程，並組成產銷監管鏈查證小組，執行案件查證。