根據聯合國糧農組織2009年公布的《海洋撈捕漁業之魚和漁產品生態標章準則》，發展標章有四項重要角色，包括標章推動者、標章所有者、認證機構與驗證機構。由於目前台灣國內尚未有與野撈漁業相對應的認證機構及驗證機構，「海洋之心生態標章」遂採用國際有機農業運動聯盟(IFOAM)所提出的「多方參與查證機制(Participatory Guarantee System，PGS)」進行第三方查證。除此之外，「海洋之心生態標章」的推動者乃農業部漁業署及財團法人臺灣海洋保育與漁業永續基金會；標章所有者及標章查證者為財團法人臺灣海洋保育與漁業永續基金會。
「海洋之心生態標章」定期召開專家諮詢會議，以《海洋之心生態標章漁業認證標準》為基礎，邀集國內最具權威的漁業專家學者制定台灣沿近海漁業魚種之導入期及進步期查證標準，自2019年至今已完成制定鯖魚、鬼頭刀、帶魚、鎖管、真鰺、藍圓鰺、東方齒鰆、皮刀魚、紅魽(杜氏鰤)、正鰹及紅星梭子蟹之導入期及進步期查證標準，共計11種台灣沿近海漁業魚種。
「海洋之心生態標章」定期召開專家諮詢會議，以《海洋之心生態標章漁業認證標準》為基礎，邀集國內最具權威的漁業專家學者制定台灣沿近海漁業魚種之導入期及進步期查證標準，自2019年至今已完成制定鯖魚、鬼頭刀、帶魚、鎖管、真鰺、藍圓鰺、東方齒鰆、皮刀魚、紅魽(杜氏鰤)、正鰹及紅星梭子蟹之導入期及進步期查證標準，共計11種台灣沿近海漁業魚種。
| 查證模式比較(下表以有機農業為例) (改自財團法人慈心有機農業發展基金會) |
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| 取得信任方式 | 範例 | |
| 有機1.0 |
第一方心證：個別消費者對生產者有信心。
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生產者使用自身產品 |
| 有機2.0 | 第三方驗證：由獨立於生產者、消費者及銷售商之公正第三方驗證機構進行驗證。 | 由通過財團法人全國認證基金會(TAF)驗證之有機驗證機構進行驗證 |
| 有機3.0 | 第二方查證：消費者透過PGS，直接至生產地查證。 | 向主婦聯盟購買 |
| 第三方查證：由公正第三方查證，信心基礎在於團體公信力。 | 綠色保育標章 海洋之心生態標章 |
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「多方參與查證機制(Participatory Guarantee System，PGS)」為國際有機農業運動聯盟（IFOAM）於2004年提出的查證概念 ，可作為傳統第三方查證的另外一種選擇，用另一種低成本與在地化的系統，透過消費者與生產者的互動及信任學習，一同形成對於產品要求的共識，並實際拜訪生產地，重新建立與生產者、土地及生態的連結，取得消費者認同及支持，甚至關懷社會公益。P國際間不同的推廣團體會依據自身國情及其把關的產業而修正PGS運作模式，但執行PGS時皆堅守六項原則，即共同參與、信任、透明度、學習過程、權利平等與共同願景，確保PGS之核心理念得以實踐。